Patogeenide detekteerimiseks vajalike stabiilsete reagentide kogumi välja töötamine

Periood: 15.02.2022 – 31.08.2023
Euroopa Regionaalarengu Fond

“Rahastatakse liidu COVID-19 pandeemiale reageerimise raames“

Projekti kogumaksumus 799128 €
millest EAS poolne toetus 399564 €

Projekti lühikirjeldus
Projekti põhieesmärgiks on välja töötada spetsiifiline patogeenide tuvastamiseks mõeldud reagentide segu, „testkitt“, mis võimaldab kindlate patogeenide (sealhulgas SARS-CoV-2)
tuvastamist ilma spetsiifilise laboriaparatuuri olemasoluta. Selline „testkitt“ sisaldab lisaks tavapärastele reagentidele ka visuaalvärvi, mis võimaldab ilma lisatestimise või -seadmeteta
visuaalselt tuvastada testitava patogeeni olemasolu proovis.

Projekti eesmärk ja tulemused:
Projekti eesmärgiks on luua viiruse või patogeeni tuvastamiseks (kaasa arvatud kogutud proovidest) vajalike stabiilsete reagentide kogum, mis võimaldab patogeeni
pärilikkusainet (DNAd ja/või RNAd) spetsiifiliselt paljundada qPCR, RT-qPCR, LAMP ja RT- LAMP meetodil ning tuvastada visualiseerides patogeeni olemasolu testtuubis
oleva lahuse värvi muutusega. Eesmärgiks on et, kõik patogeenide tuvastamiseks kasutatavad reagendid peavad olema külmkuivatatavad, mis võimaldab nende
reagendikogumite pikaajalist säilitamist ning saatmist testimis ja või kasutamise kohta toatemperatuuril. Samuti on oluline külmkuivatatud reagentide kiire, lihtne ning
sooritusvõimet mitte mõjutav reagendikogumi taaslahustamine. Põhieesmärgiks on välja töötada spetsiifiline patogeenide tuvastamise reagentide segu „testkitt“, mis
võimaldaks kindlate patogeenide (sealhulgas SARS-CoV-2) tuvastamist ilma spetsiifilise laboriaparatuuri olemasoluta. Selleks on plaanis välja töötada nii LAMP
reaktsioonis kui ka RT-LAMP reaktsioonis kasutatavad reagendid, kus sarnaselt PCR meetodile toimub patogeenide pärilikkusaine spetsiifiline paljundamine testtuubi
sees, kuid selle erinevusega, et pärilikkusaine paljundamine toimub ühel kindlal temperatuuril. See võimaldab DNA paljundamist ilma PCR masinata kasutades vaid
termostaati. Selline „testkitt“ sisaldab lisaks visuaalvärvi, mis võimaldab ilma lisatestimiseta või seadmeteta tuvastada vaid visuaalselt vaadeldes (näiteks
positiivne testlahus värvub kollaseks ja negatiivne testlahus säilitab oma roosa tooni) testitava patogeeni olemasolu ning seeläbi otsustada kas testitud proov sisaldab
kontrollitavat patogeeni. Samuti on LAMP reaktsioonis vajalikud reagendid külmkuivatatud võimaldades nende lihtsat säilitamist ning transporti enne kui
reagendid lahustatakse patsiendilt kogutud testproovilahuses.

Eesmärgid:

  1. luua uus qPCR ja RT-qPCR meetodi juures kasutatav DNA-värv mida on võimalik
    koos teiste PCR reagentidega külmkuivatada.
  2. välja töötada qPCR meetodil kasutatav reagentide segu, mida on võimalik
    külmkuivatada.
  3. välja töötada LAMP ja RT-LAMP meetodil kasutatav reagentide segu, mida on
    võimalik külmkuivatada.
  4. välja töötada kolorimeetriline visuaalvärv külmkuivatatuna LAMP ja RT-LAMP
    reakstioonisegusse lisamiseks, mis võimaldaks lihtsalt ja ohutult testitulemusi palja
    silmaga visuaalselt tõlgendada.
  5. välja töötada külmkuivatatavad reagendid erinevate patogeenide pärilikkusaine
    tuvastamiseks patsiendilt saadud proovist ning kasutada neid reagente prototüüp-
    testkitiloomiseks.

Oodatavad tulemused

  1. Kvantitatiivse PCR läbiviimiseks vajalik DNAd siduv värv mida on võimalik PCRi
    segu koostises külmkuivatada.
  2. Külmkuivatatud qPCR ja RT-qPCR reagendid.
  3. Külmkuivatatud LAMP ja RT-LAMP reagendid.
  4. Ohutu ja lihtne testsüsteem kindlate patogeenide tuvastamiseks, patogeeni
    pärilikkusainet paljundades nõnda, et testi tulemus oleks visuaalselt nähtav selles
    samas testtuubis.